在疯人院里，他特别能和他的病友杰弗里·戈因斯交谈，他提出帮助他逃离疯人院，科尔回到了 2035 年。他告诉人们后被精神病医生凯瑟琳·雪莉诊断为精神分裂症和理想主义六年内将有 50 亿人死于病毒灾难。囚徒詹姆斯科尔被迫担任志愿者，从2035年到1996年穿越时空，追查当年病毒传播的原因，以便科学家采取措施预防和制止其生产。然而，时间旅行出现了错误，科尔于1990年被送往巴尔的摩。第二次时间旅行没有问题，但科尔在费城创造了病毒的起源。于是他找到了凯瑟琳，请她帮他去费城寻找释放病毒的罪魁祸首：十二只猴子。杰弗里的父亲是著名的病毒专家科兰德。杰弗里是一个为动物自由而战的人。他绑架了他的父亲并组织了十二猴团，但他想被漏勺杀死。博士在动物园里饲养的所有动物都被释放了。从科尔腿上取出的子弹证实了科尔确实不是这个时代的人。凯瑟琳相信他的话，决心帮助他拯救人类的命运。它们以十二只猴子围成一圈的奇异图案为标志。公元 2035 年。那种致命的病毒与十二猴军团毫无关系。科尔决定忽略未来，当他和凯瑟琳梦想着在机场过上更好的生活时，医生的助手彼得斯被意外创造了。

作品大都包含着对可能性的探求：在自然律层面上或在形而上层面上。前者在既定自然律的基础上，探求自然律的变奏将对人类生活造成何种影响；后者则是直指本质的叩问，物所包含的形而上可能性犹如自身的影子，在勾勒实体的同时，与实体一起，勾勒着存在的深层轮廓。科幻作品常以人类宿命作为关注的焦点，主题也往往与拯救有关：外星人侵入地球，或人类自身因为对科学技术的不加节制的发展与滥用而可能导致的灭亡。前者毋宁是停留于自然律层面的一次想象力的宴席，后者则通过自然律而标识出一个箭头，指向存在的内核，比如《十二猴子》——
一九九六年底，只有百分之一的人类是幸存者，其他人都死于某科学家提炼出的细菌。有意思的是，组建十二猴子军队的头领，杰弗瑞，在精神病院里，曾向时空穿越者，科尔，逻辑清晰地论证：细菌并不存在，而是从前捏造出来哄骗医生勤于洗手的概念。“对错并不存在，权威并不存在，都只是意见而已。”科尔被强迫服用镇定剂，神志不清地建议杰弗瑞窃取父亲实验室里的细菌，来消灭人类。
科尔再次回到地球人时空，试图阻止十二猴子军队的行动。既然细菌几乎消灭了人类，那么，细菌终归还是“存在”的喽，它不仅仅是拿来哄人概念。权威也是存在的。细菌所造成的疾病暴力，即终极权威。但换一个角度，似乎也可以这样看：细菌仍然只是一个概念，它哄人在疾病中死去，就像它哄着医生洗手那样。因为人类存在本就不一定那么实在，整个文明都是头脑中的臆想或精神构造，也不是不可能——缸中之脑本就无所谓生死，而不借助那套精美的基督教神学，笛卡尔更是无从证明外在世界是真实的。
我不认为科幻算作一个作品类别——我认为只有两个类别：作品与浮沫，进一步的细分都是毫无必要的。比如《十二猴子》中，所有的科幻元素都可被替换成自古有之的魔幻元素，而并不改变故事的叙事：想想心理医师凯瑟琳的那个演讲，古代异象与疯子的预言，那不正是对同一个故事的另一份讲述么？我们可以用梦来穿越时空：梦本就是现实的一部分，它的虚幻性至多只是其表象内容与现实的另一部分不尽符合而已。但，现实的某一部分为何要去符合另一部分呢？我们可以用巫师的香料来致死与复活，用一组组雕塑来刻画永恒或永恒的死亡。而，片头所描述的末世景观，不正是基督教和太多民间宗教所着迷于宣扬的末世论么？
无论风俗的外观如何变迁，人性总是那个人性，生存境遇也总不过是生老病死、爱恨聚散、和喜怒哀乐。科学假设作为人类想象力的一个表达，固然是令人惊讶的并且是美的：比如引力、原子、能量。但我不相信它们是实存的——更准确地说，并没有足够的依据让我相信它们是实存的。我也不相信写在纸上的历史，更不要说那些冠冕堂皇的以制造意识形态为己任的官方史——想想当代衙门里正在书写的“历史”，你还会相信几百年前在衙门里写下的“历史”么？
留心一下生活中最简单的东西：空气、水、呼吸，和爱。
我只相信切近的日常生活。相信日夜相代、万家灯火，相信人心的真、善、和美。《十二猴子》里反复提到的，也是影片最动人的部分，即科尔的真心所想，能够生活在地球表面：呼吸空气、在溪水里撒欢，在树林里仰望星空，听音乐，和凯瑟琳在一起——这些最简单、最朴素的生活片段。灭亡之前，科尔问凯瑟琳想做点什么，“带你去佛罗里达，因为你说你从没看过海。”